La criptococosis es una micosis de curso subagudo o crónico causada por levaduras oportunistas del género Cryptococcus, principalmente por las especies de los Complejos C. neoformans y C. gattii. La criptococosis pasó de ser considerada una micosis de aparición esporádica, a posicionarse como una de las primeras afecciones oportunistas asociadas al SIDA con una tasa de infección elevada en estos pacientes quienes con frecuencia desarrollan una meningoencefalitis. En Venezuela poco se conoce sobre los serotipos, susceptibilidad y virulencia de las cepas circulantes. El propósito de este trabajo fue realizar la caracterización molecular de los Complejos Cryptococcus neoformans y gattii, se empleó la PCR-RFLP siguiendo el protocolo descrito por Escandon y col. Se utilizaron 80 cepas, 67 del complejo C.neoformans y 13 del complejo C.gattii, conservadas en la micoteca del INHRR. Se encontró que el tipo molecular más prevalente es el VNI con un 77,2% similar a lo reportado a nivel mundial, en segundo lugar se encuentra el tipo molecular VGII (12,7%), que concuerda con lo reportado para Latinoamérica. Este estudio aporta información epidemiológica sobre los tipos moleculares circulantes y permite de esta manera profundizar en el conocimiento de esta micosis oportunista en Venezuela.