El manual ha sido estructurado en tres partes:

El título Primero, "De la administración de la calidad en la industria farmacéutica: Fundamentos y elementos esenciales", esboza los conceptos generales de la garantía de la calidad, como también los principales componentes o subsistemas de la BPM, que son responsabilidades conjuntas de la gerencia general y de las gerencias de la producción y del control de calidad, entre los que se incluyen higiene, validación, autoinspección, personal, instalaciones, equipos, materiales, documentación, etc. El título Segundo, "De las buenas prácticas de producción y el control de calidad", provee asesoramiento respecto de las acciones que deben tomar, separadamente, el personal de producción y el de control de calidad, para la puesta en práctica de los principios generales de garantía de la calidad. El título Tercero, "Normas complementarias y de apoyo", incluye dos normas complementarias, una que trata sobre la fabricación de productos farmacéuticos estériles y donde se resalta los puntos específicos para minimizar los riesgos de contaminación microbiológica, por partículas y por pirógenos, de estas preparaciones. La otra norma es de apoyo y se refiere a las buenas prácticas que se deben observar en la fabricación , control y manejo de ingredientes farmacéuticos activos, para que estos posean la calidad y pureza apropiada para ser usados en los productos farmacéuticos, cosméticos y otros relacionados con la salud