As lesões odontogênicas epiteliais benignas apresentam comportamento biológico heterogêneo e patogênese ainda não totalmente esclarecida. As vias de reparo do ácido desoxirribonucleico (DNA) atuam em tipos específicos de danos ao material genético, realizando o reparo e regulando diversos processos celulares. Dentre as principais vias de reparo do DNA, destacamse o reparo por excisão de bases (BER) e o reparo por excisão de nucleotídeos (NER). Investigações têm demonstrado que as proteínas envolvidas nessas vias se encontram desreguladas e, por vezes, altamente expressas em algumas neoplasias malignas, contribuindo para a progressão tumoral. Levando em consideração a heterogeneidade do comportamento biológico das lesões odontogênicas epiteliais benignas e a escassez de estudos que tenham avaliado a expressão de proteínas de reparo do DNA nestas lesões, este trabalho avaliou a imunoexpressão de proteínas da via BER (APE-1 e XRCC-1) e NER (XPF) em ameloblastomas (AMEs) sólidos (n = 30), ceratocistos odontogênicos não sindrômicos (CONS) (n = 30), ceratocistos odontogênicos sindrômicos (COS) (associados à Síndrome de Gorlin) (n = 29), cistos dentígeros (CDs) (n = 30) e folículos dentários (FDs) (n = 20). A análise da expressão imunoistoquímica de APE-1, XRCC-1 e XPF foi realizada de forma quantitativa por um avaliador previamente calibrado e sem acesso aos dados clínicos dos casos. Em cinco campos de maior imunorreatividade, foram quantificadas as células positivas e negativas para as proteínas no componente epitelial de todos os casos, sendo estabelecido o percentual de células positivas em relação ao número total de células contadas para cada anticorpo. As marcações nucleares e citoplasmáticas foram analisadas separadamente para APE-1 e XPF, enquanto apenas a imunoexpressão nuclear foi considerada para XRCC-1. As comparações das medianas dos percentuais de imunorreatividade em relação aos grupos estudados foram realizadas por meio dos testes não paramétricos de Kruskal-Wallis e Mann-Whitney. Possíveis correlações entre a expressão de APE-1, XRCC-1 e XPF foram avaliadas por meio do teste de correlação de Spearman. O nível de significância foi estabelecido em 5% (p < 0,05). Foi verificada uma maior imunoexpressão nuclear de APE-1 nos CONSs, COSs e AMEs sólidos, em comparação com os CDs (p < 0,001). Dentre todos os grupos avaliados, a expressão citoplasmática de APE1 só foi encontrada em 4 CONSs e 6 COSs. A expressão nuclear de XRCC-1 foi estatisticamente maior nos CONSs e COSs em relação aos CDs (p < 0,05). Em nível nuclear, a expressão de XPF foi significativamente maior nos CONSs e COSs em relação aos CDs e AMEs (p < 0,05) e, embora sem significância estatística, foi observada uma maior expressão nuclear dessa proteína nos AMEs quando comparado aos CDs. Em relação à expressão citoplasmática de XPF, foi observada uma maior expressão nos COSs em relação aos CDs (p = 0,04). Nenhuma diferença estatisticamente significativa foi encontrada entre as expressões nucleares de APE-1, XRCC-1 e XPF entre CONSs e COSs (p > 0,05). Além disso, todas as lesões odontogênicas estudadas revelaram uma maior expressão estatisticamente significativa de APE-1 (nuclear), XRCC-1 (nuclear) e XPF (nuclear e citoplasmática) quando comparados aos FDs (p < 0,05). Para todas as lesões, o teste de correlação de Spearman mostrou uma correlação positiva entre a expressão nuclear de APE-1 e XRCC-1 ou XPF, em nível nuclear (p < 0,05). Os resultados deste estudo sugerem um potencial envolvimento das proteínas APE-1, XRCC-1 e XPF na patogênese das lesões odontogênicas epiteliais benignas, com destaque para aquelas com comportamento biológico mais agressivo (AU).