O vírus da hepatite E (HEV) é um patógeno zoonótico, emergente, que está associado a importantes problemas de saúde pública. O objetivo deste estudo foi investigar a presença do HEV em capivaras de vida livre, que habitam parques urbanos no Estado de São Paulo, Brasil. Um total de 337 amostras fecais foi triado para HEV utilizando o teste de Reação em tempo real em Cadeia da Polimerase pós transcrição reversa (RT-qPCR) e, posteriormente, confirmado por “nested” Reação em cadeia pela polimerase pós- transcrição reversa (RT-PCR) convencional. O genótipo e o subtipo de HEV foram determinados empregando a metodologia de Sanger e técnicas de sequenciamento de nova geração. O HEV foi detectado em uma amostra de fezes (0,3%) e classificado como HEV-3f. A cepa IAL-HEV_921 HEV-3f mostrou uma estreita relação com cepas de suínos europeus, javalis e humanas (90,7–93,2% nt), sugerindo transmissão interespécies. O subtipo 3f já havia sido relatado em suínos e em humanos, entretanto, mais estudos são necessários para avaliar a infectividade viral nas fezes de animais e levar à conclusão dessa hipótese. A caracterização molecular de amostra positiva para o HEV foi importante para elucidar a diversidade genética do vírus nesses animais. Este é o primeiro relato de HEV detectado em amostras de fezes de capivara em todo o mundo.