Os mecanismos moleculares e celulares que estão associados a patogênese, baixa resposta ao tratamento, recidiva e óbito em tumores de glândula salivar não são totalmente conhecidos. Nesse sentido, é importante ressaltar que as células-tronco (CT) dentro de um tumor (CTT) estão relacionadas com a tumorigenicidade e progressão em neoplasias humanas. Diante do exposto, o objetivo desse trabalho foi avaliar a expressão de marcadores relacionados às CT (ALDH-1 e SOX-2) em neoplasias de glândula salivar e verificar se suas expressões apresentam associação com dados clinicopatológicos e desfecho dos pacientes. Foram selecionados 103 casos de neoplasias malignas (25 CME; 15 CCA; 13 CAC; 10 ACP; 13 ACSOE; 8 CEME; 7 CAEXAP; 5 CDS; 4 ACCB; 3 CCC) e 51 casos de neoplasias benignas (25 AP; 9 MIO; 7 TW; 5 ACA; 5 ACB). Os dados obtidos foram analisados no software Statistical Package for Social Science, GraphPad Prism e STATA. O nível de significância de 5% foi adotado para os testes estatísticos (p<0.05). Os pacientes do estudo foram principalmente do sexo masculino, com média de idade de 52 anos; a parótida foi o sítio anatômico mais afetado. A maioria das neoplasias malignas, foi classificada como T1-T2, N0 e M0. A expressão das proteínas foi avaliada através de imuno-histoquímica e confirmadas por meio de Western-blot, verificando-se que os resultados foram semelhantes entre as técnicas e que estavam correlacionados estatisticamente, tanto para SOX-2 (p<0.001) quanto para ALDH-1 (p=0.039). Em relação a expressão da SOX-2, a maioria dos tumores benignos foi negativa (n=39; 76.5%), sendo constatada expressão apenas nos tumores sem diferenciação mioepitelial (ACA e TW) (p<0.0001). Em contraparte a maioria dos tumores malignos estudados foi positiva para SOX-2 (n=54; 52.4%) sendo esse resultado estatisticamente significativo (p=0.002). Também foi evidenciada que essa expressão ocorreu em casos sem diferenciação mioepitelial (p=0.006) principalmente em CME e CCC. Não foram evidenciadas associações estatisticamente significativas entre a expressão de SOX-2 e parâmetros clínicos. A proteína ALDH-1 esteve frequentemente expressa no parênquima de neoplasias malignas (n=88; 85.6%) e benignas (100%). De maneira geral, a expressão da ALDH-1 no parênquima não se associou com parâmetros clínicos das neoplasias malignas, entretanto, os casos de CME com alta expressão no parênquima estavam associados com tumores de estadiamento clínico avançado (p=0.047). Foi constatada expressão da ALDH-1 em células do estroma tumoral, principalmente de neoplasias malignas (n=67; 65.0%), estando associada com metástase em linfonodos (p=0.032), estadiamento clínico avançado (p=0.008), recorrência tumoral (p=0.006) e óbito (p=0.013). A sobrevida global e livre de doença em 5 e 10 anos foi menor em pacientes diagnosticados com CAC, estadiamento clínico avançado, que apresentaram recorrência e com expressão estromal de ALDH-1. Destaca-se que na análise multivariada, o estadiamento clínico avançado e expressão estromal da ALDH-1 representaram fatores prognósticos independentes na sobrevida livre de doença. Com base nos resultados apresentados pode-se concluir que o perfil que caracteriza as CTT apresenta variações nos diferentes tumores de glândula salivar. A expressão diferencial da SOX-2 e ALDH-1 nessas neoplasias sugere que existem subtipos diferentes de CTT que podem ser ativadas por vias moleculares distintas. Conclui-se também que a presença de marcação estromal para ALDH-1 caracteriza células com perfil de CT mesenquimais que podem estar diretamente relacionada com o comportamento biológico e progressão de tumores malignos em glândula salivar (AU).