Este trabalho teve o objetivo de analisar as desigualdades sociais e a associação entre condições de vida e a baixa estatura infantil em beneficiários de um programa de transferência de renda brasileiro. Trata-se de estudo desenvolvido a partir de três desenhos diferentes, que se utilizaram de dados secundários disponibilizados pelo Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (DATASUS) e do Atlas de Desenvolvimento Humano do Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD). Considerou-se como variável dependente o déficit estatural infantil nos beneficiários do Programa Bolsa Família (PBF), as variáveis independentes estavam relacionadas às condições de vida e oferta de serviços de saúde nos 5570 municípios brasileiros. Foram utilizados indicadores relacionados às condições educacionais, socioeconômicas, sanitárias e de desenvolvimento municipal, referentes aos anos de 2009 a 2012. Para a análise dos determinantes, foi realizada a análise bivariada pelo teste de independência χ², estimada a razão de prevalência não ajustada e ajustada, e constituído um modelo de regressão múltipla de Poisson. A dependência espacial do déficit estatural foi verificada pelo Índice Moran Global e a correlação espacial com as variáveis independentes foi obtida pelo Índice de Moran bivariado. Para a análise das modificações nas desigualdades sociais foram calculados o Coeficiente Angular de Desigualdade e o Índice Relativo de Desigualdade. Para todos os testes foi adotado um nível de significância de 5%. Os resultados mostraram que a chance de maior prevalência de déficit estatural foi superior nos municípios que apresentaram indicador socioeconômico baixo (RP 1,43; 95% IC 1,25–1,64) e menor para priorização da atenção primária baixa (0,78; 0,70–0,87). A dependência espacial no déficit estatural foi observada (I=0,52; p=0,010), com predominância de altas prevalências nas regiões Norte e Nordeste. Houve redução na prevalência da baixa estatura e melhora nos indicadores socioeconômicos, com diminuição das desigualdades absolutas e relativas ao longo do período estudado. Como principais conclusões dos três estudos, ficaram evidentes a redução nas desigualdades socioeconômicas durante o período analisado, a forte determinação social e a dependência espacial do déficit estatural em crianças beneficiárias do PBF (AU).