Estudos de Euglenaceae pigmentadas relacionados a aspectos taxonômicos, ecológicos e sanitários foram realizados em Lagos do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, situado na cidade e Estado de Säo Paulo. Procurou-se comparar um ambiente que recebe grande quantidade de matéria orgânica (localizado no Parque Zoológico) com outro mais protegido (localizado no Jardim Botânico). Identificaram-se 53 táxons infragenéricos, que foram classificados em cinco gêneros (Euglena, Lepocinclis, Phacus, Strombomonas e Trachelomonas). No estudo ecológico procurou-se caracterizar o ambiente onde vive este grupo de organismos e, consequentemente, permitir o maior aproveitamento de sua potencialidade como indicadores biológicos de poluiçäo orgânica carbona da água. Constatou-se que os principais fatores físicos e químicos que interferem na proliferaçäo de Euglenaceae pigmentadas nas estaçöes 1 e 2 foram, ao que tudo indica, a temperatura da água, o pH, a amônia, o oxigênio dissolvido e a matéria orgânica carbonada, pois observou-se maior proliferaçäo dos organismos quando os valores dessas variáveis foram respectivamente, 21,5 a 23,0-C, 6,2 a 6,3, 1,7 a 1,9mg/l, 1,86 a 1,98mg e 7,3 a 11,0mg/l. Os dados obtidos do estudo sanitário foram discutidos e comparados com os da literatura, procurando-se classificar os organismos estudados em vários dos sistemas sapróbicos vigentes. Assim, sugere-se o uso eventual de Euglena communis Gojdics, Euglena polymorpha Dangeard e de Strombomonas ovalis (Playfair) Deflandre como indicadores biológicos de poluiçäo orgânica da água, desde que os valores da análise qualitativa estejam ao redor de 600org./ml.10-4