No triênio 1978/1980, de cada 1000 nascidos vivos em Cubatäo, 66,06 morreram antes de completar um ano de vida (para o restante da Sub-Regiäo Administrativa de Santos esse valor foi de 56,99. Quanto às causas de morte, a principal foi das Perinatais, englobando 32,42% das mortes (para o resto da Baixada Santista 34,70%).

As moléstias infecciosas constituiram o segundo grupo de causas de morte:

27,51% (28,16% para os demais municípios). Em Cubatäo, das crianças que morrem com menos de uma ano de idade, 23% apresentam a desnutriçäo (no restante da sub-regiäo,18%). Quanto as anomalias congênitas, de cada cem mil crianças que nasceram vivas, 324,47 tiveram como causa direta da morte uma má-formaçäo (restante da Baixada, 279,7). Chamou a atençäo a grande proporçäo de anomalias do sistema nervoso (52%), sendo que as outras áreas, apresentam preponderância de anomalias do aparelho circulatório. Quanto ao risco de morrer por anencefalia, Cubatäo apresentou valor alto: 64,89 óbitos para cada mil nascidos vivos. Nos demais mun. da Baixada, o risco foi de 28,11 para cem mil nascidos vivos, mostrando que Cubatäo apresentou risco igual a 2,3 vezes o da Baixada. Quanto aos produtos de concepçäo que näo apresentaram sinal de vida ao nascer, os resultados mostraram que o grupo das anomalias congênitas foi causa de morte fetal em 4,26% dos casos de Cubatäo e 1,88% dos casos dos outros municípios da Baixada. As anomalias do sistema nervoso representaram, cerca de 50% do total de anomalias em Cubatäo (31,6% para a Baixada), sendo as anencefalias responsáveis por 1,6% das perdas em Cubatäo e 0,5% das da Baixada