Muchos no consideran a los protozoarios ni como plantas ni como animales. Podrían pertenecer junto a los hongos a los "protistas mayores". "Mayor" es sinónimo de eucariocitos, es decir, de células con un núcleo verdadero y auténtico. Si se considera a los protozoarios como animales unicelulares se les puede clasificar en plasmodromia y ciliophora.

El subgrupo plasmodromia tiene cuatro clases:

1. Mastigophora, 2. Sarcodina, 3. Sporozoa y 4. Cnidosporidia. El grupo Ciliophora, comprende dos clases: 1.Ciliata y 2. Suctoria. En 1969, Whittaker presentó una clasificación de los seres vivos en cinco reinos: I. Monera 14 ramas de procariocitos (anucleados) con reproducción sexual (Bacterias, Actinomicetes, Algas azul-verde, etc.) II Protista 30 ramas de eucariocitos (nucleados)(Protozoarios, otras Algas, etc.) III Hongos 6 ramas (Chitriodiomicetes, Zigomicetes, Ascomicetes, Basidiomicetes, Deuteromicetes, Micoficofitos.) IV Animales 32 ramas (Gusanos, Insectos hasta Maníferos, etc.) Como se ve, los protozoarios, junto a otros organismos, figuran en el segundo reino o sea en el de los "Protistas". En cambio, los hongos se encuentran sólos en el tercer reino. Parece que la mayoría de los biólogos, actualmente, han aceptado este orden taxonómico. De un "enorme número de especies de protozoarios"-como dice Kudo- se han encontrado 27 en el hombre y un número mayor en animales. No todas las especies conicidas en el hombre son patógenas. En este libro se tratarán 17 enfermedades parasitarias que son producidas por agentes de 5 de las 6 clases, así: 1) Mastigophora (flagelados), 2) Sarcodina (rizópodos), 3)Ciliata (ciliados), 4) Sporozoa (esporozoos) y 5) Cnidosporidia (microsporidios)