El propósito de este estudio fué determinar la posible asociación de la Candida y Microorganismo oportunistas con la mucositis migratoria benigna. Participaron en el estudio 60 pacientes entre 10 y 27 años de edad, sistémicamente sanos, de los cuales 30 presentaban la lesión y 30 eran grupo control, todos alumnos y pacientes de la Escuela Colombiana de Medicina. A cada uno de los pacientes se les practicó un examen clínico para diagnosticar la lesión y se realizaron frotis que se sembraron en tres medios de cultivo diferentes Mac Conkey, Sabouraud y Fenil Etil Alcohol - F.E.A. para observar el crecimiento de bacterias entéricas, levaduras y microorganismos anaerobios respectivamente. Posteriomente se realizaron frotis y coloración de Gram de las colonias encontradas, y pruebas bioquímicas utilizando el Kit para identificación de levaduras Minitck y el Kit BBG Crystal para entéricos de Becton Dickinson. La observación microscópica confirmó la presencia de bacilos Gram negativos, bacterias entéricas y microorganismos anaerobios entre los cuales predominaron los cocos Gram positivos, peptococo y peptoestreptococos. En muy poco porcentaje se encontraron levaduras. Los resultados demostraron que no existió diferencia significativa en la presencia de Candida y entéricos entre el grupo estudio y el grupo control, indicando que no existen cambios microbiológicos en pacientes con mucositis migratoria, por lo tanto no se pueden asociar estas lesiones a Candida ni a microorganismos oportunistas.