O Hospital Evandro Chagas da Fiocruz, ao priorizar institucionalmente serviço, pesquisa, ensino, apresenta como missäo histórica e precípua estudar doenças infecciosas por meio de: programas de atendimento clínico integrados às linhas de pesquisa; projetos de pesquisa clínico-laboratoriais, onde a associaçäo do binômio pesquisa básica - pesquisa clínica se faz presente do modo efetivo; e ensino interdisciplinar e multiprofissional (como polo de treinamento e formador de recursos humanos), voltados para a atençäo integral à saúde, entendida como recuperaçäo, promoçäo e proteçäo da saúde do homem brasileiro, com o compromisso de qualidade junto à otimizaçäo de custos.