La Toxoplasmosis encefálica (TE) es una de las infecciones oportunistas más comunes en personas con el síndrome de inmunodeficiencia adquirida, se ha estimado que la tercera parte de estos pacientes desarrollan TE, siendo la mayoría de los casos producto de una reactivación endógena de una infección latente por Toxoplasma gondii, sin embargo la serología no es un marcador lo suficiente sensible para el diagnóstico de TE. Los métodos diagnósticados utilizados son coloraciones con Giemsa de fluídos corporales, inoculación en ratones, cultivos celulares pero tienen baja sensibilidad, también se puede realizar por biopsia de cerebro, pero implica peligro al paciente. A fin de superar estos problemas en el presente trabajo se ha evaluado la utilización de la Reacción en cadena de la Polimerasa (PCR) para el diagnóstico de TE en diferentes muestras clínicas, usando "Primers" derivados del Gen B1 del parásito. Se usó como referencia o "Gold standard" la inoculación en ratones y/o el diagnóstico clínico. Se trabajó con una población de 68 pacientes divididos en tres grupos, uno de pacientes sospechosos (24 pacientes) y los otros dos de controles negativos (44 pacientes) las muestras que se evaluaron fueron líquido cefalorraquídeo (LCR) y sangre. Utilizando ya sea LCR o sangre la sensibilidad fue de 67 por ciento (8/12, 6/9) y cuando fue posible utilizar ambas muestras del mismo paciente, la sensibilidad se incrementó al 89 por ciento (8/9). La especificidad fue del 100 por ciento. El 77.7 por ciento (7/9) de los pacientes positivos a PCR presentaron anticuerpos contra t.gondii. Los niveles de CD4 por debajo de 200 células por µL de sangre predisponen al paciente a la adquisición de TE y otras enfermedades. El número de muestras trabajadas fue muy pequeño, no obstante esta limitación, consideramos como un importante aporte la iniciación del uso del PCR para el diagnóstico de Toxoplasma.