O objetivo deste trabalho foi avaliar o padräo de resistência da microbiota subgengival à tetraciclina administrada, sistêmica ou localmente, em associaçäo à terapia periodontal básica que inclui raspagem e alisamento radicular (RAR). Trinta pacientes, com no mínimo 4 sítios com profundidade de bolsa (PB) >=6mm e sangrando à sondagem, foram aleatoriamente divididos em 3 grupos: Grupo 1, RAR + tetraciclina sistêmica (500 mg duas vezes ao dia, por 14 dias); Grupo 2, RAR somente e Grupo 3, RAR + Fibra contendo tetraciclina (ActisiteR) por 10 dias, nos 4 sítios teste. Medidas de profundidade de bolsa (PB), nível clínico de inserçäo (NCI), placa visível, sangramento à sondagem e superaçäo foram realizadas no exame inicial, aos 3 e 6 meses após o tratamento. Amostras de placa subgengival foram coletadas dos sítios testes no início, 1 semana, 3 e 6 meses pós-terapia. As amostras foram semeadas em meio de cultura contendo ou näo 4 µg/ml de tetraciclina e incubadas anaerobicamente por 7-10 dias. As percentagens de espécies resistentes, isoladas do meio de cultura contendo antibiótico, foram determinadas e as espécies identificadas usando sondas de DNA e a técnica de "Checkerboard DNA-DNA hybridization". Diferenças significativas nas medidas clínica e percentual de espécies resistentes foram computadas intra e inter grupos, empregando os testes estatísticos de Friedman, Kruskal-Wallis e X². Todos os tratamentos foram efetivos em relaçäo a ganhos no CNI e reduçöes de PB, placa bacteriana, sangramento à sondagem e supuraçäo. As respostas clínicas alcançadas aos 3 meses após terapia foram, geralmente, sustentadas até 6 meses. Nenhuma diferença no percentual de bactérias resistentes foi observada entre os grupos no início e 3 meses pós-tratamento, mas a 1 semana e 6 meses os grupos testes tiveram um percentual significantemente maior que o grupo controle. O percentual de espécies resistentes aumentou significantemente em todos os grupos, em 1 semana, mas retornou para níveis inicais aos 3 meses. As espécies mais resistentes à tetraciclina, em todos os grupos, foram Streptococcus spp., N. mucosa, G. morbillorum e V. parvula. Näo houve associaçäo entre o perfil de resistência à tetraciclina da micobiotica subgengival e os parâmetros clínicos analisados