El enfrentamiento guerrillas - autodefensas - organismos armados del Estado ha ocasionado incontable número de muertos, amenazados, secuestrados, desaparecidos, desplazados y flagrantes violaciones a los derechos humanos y el Derecho Internacional Humanitario. La mayor parte de la población y el territorio del departamento se encuentra bajo esta situación. Lo que ha estado sucediendo ultimamente es la eliminación por parte de las autodefensas de todo militante o simpatizante de la guerrilla y esta ha respondido con acciones terroristas que sacrifican personas inocentes. Las autodefensas de Cordoba y Urabá han crecido en hombres, han expandido su influencia al Chocó, la Costa Atlántica y otras partes del pais, han fortalecido su presencia en lugares "conquistados" y hacen parte de las Autodefensas Unidas de Colombia. Se han constituído sin lugar a dudas en voceros a tener en cuenta en cualquier propuesta de paz. Las autodefensas son, al parecer, un proyecto económico, social y político, fácilmente desbordable por la concepción dogmática y fanática que los guía, la tendencia a la venganza, el abuso de las armas en manos de líderes y jóvenes combatientes sin formación adecuada y el hecho de creer que pueden decidir sin fórmula de juicio quien tiene la verdad y quien puede o no vivir. La dinámica del conflicto es tal que individualidades o sectores de la llamada sociedad civil cada día se involucran mas en las acciones de los actores armados