En Colombia aproximadamente 4.7 millones de personas habitan en zonas consideradas de alto y mediano riesgo para la transmisión de malaria, son en total 567 municipios de 29 departamentos. Si bien la mortalidad por malaria ha tenido un descenso en los últimos 40 años, el comportamiento de la morbilidad durante este período ha mostrado una tendencia ascendente, registrándose en la década de los noventa un promedio anual de 150.000 casos.

Entre los factores asociados a la grave situación de la malaria en Colombia deben citarse los siguientes:

la pobreza en el campo y el poco desarrollo de las regiones, los desplazamientos de poblaciones, intervenciones no controladas sobre el medio ambiente, los procesos de colonización no planificados, el poblamiento desordenado de zonas periurbanas, el surgimiento de resistencia a los medicamentos e insecticidas y los cambios en el sistema de salud. En Colombia la propuesta estratégica de la OMS coincide con un proceso de cambio en el abordaje de la problemática de las enfermedades transmitidas por vectores en el país y en general con una coyuntura en la que la Nación, las Entidades Territoriales y los otros actores del Sistema de Salud están acomodándose a la nueva estructura que el Sistema de Salud presenta para planificar y ejecutar las acciones de promoción de la salud, prevención de la enfermedad y control de factores de riesgos, de acuerdo a lo dispuesto por la Ley