Si bien el SNIS nace con una visión estrictamente sectorial y su misión era la de proveer información para la toma de decisiones gerenciales y epidemiológicos, hoy debido a los cambios estructurales y de formulación de políticas que vive el país, el SNIS se inspira en una visión nacional de convertirse en la fuente de información del Sector Salud para la formulación y monitoreo de las políticas Sociales. En estos términos, la misión del SNIS es de conducir desde el Sector el proceso de operación del Seguro Básico de Salud y el Escudo Epidemiológico, estrategías que contribuyen a "la lucha contra la pobreza"