Objetivo. Avaliar a presença dos protozoários Giardia sp e Cryotosporidium sp em águas destinadas a captaçäo e tratamento para consumo humano no Estado de Säo Paulo, como parte do projeto da CETESB (Companhia de Tecnologia e Saneamento Básico do Estado de Säo Paulo) "Avaliaçäo da Qualidade das Aguas Interiores do Estado de Säo Paulo". Trata-se de importantes agentes etiológicos de gastroenterites de veiculaçäo hídrica, amplamente disseminados no ambiente e com características que favorecem a transmissäo pela água. Métodos. Durante 19 meses foram analisadas 278 amostras de águas superficiais provenientes de 28 pontos de captaçäo de 10 bacias hidrográficas. Foi utilizada a técnica de imonofluorescência, após concentraçäo das amostras por floculaçäo por carbonato de cálcio. Foram igualmente , analisados para verificar-se eventual correlaçäo com esses protozoários, coliformes fecais, estreptococos fecais e Clostridium perfrigens. Resultados. Os resultados obtidos indicaram a presença da Giardia sp e Cryptosporidium sp, respectivamente em 27 por cento e 2,5 por cento das amostras analisadas, uma porcentagem de positividade inferior àquela relatada na literatura, principalmente para o Cryptosporidium sp. O teste de postos de Spearman revelou uma correlaçäo significativa, entre as concentraçöes de Giardia sp e os três indicadores de contaminaçäo fecal. Conclusöes. Segundo a Legislaçäo Americana de Monitoramento - ICR ( Information Collection Rule), em 16 dos 28 pontos de captaçäo avaliados seria necessário realizar análise da água tratada para avaliar a eficiência do tratamento na remoçäo dos parasitas. A complexidade dos métodos de analise requer rigoroso programa de Controle de Qualidade Analítica. Algumas deficiências técnicas do método ainda limitam a utilizaçäo os resultados do monitoramento em Saúde Pública.