Os papilomavírus humanos (HPV) estão associados a diversas lesões tumorais do trato anogenital, tanto malignas quanto benignas. Estudos demonstram que a infecção pelo HPV vem sendo cada vez mais diagnosticada em mulheres portadoras do vírus da imunodeficiência humana (HIV), entretanto, pouco é conhecido sobre a infecção pelo HPV em gestantes portadoras do HIV. O objetivo do presente estudo foi avaliar através de técnicas de biologia molecular, a prevalência da infecção pelo HPV durante o período gestacional, e a persistência da infecção após o parto em gestantes HIV positivo e gestantes HIV negativo, caracterizando os tipos de HPV encontrados. Um total de 188 gestantes HIV positivo e 99 gestantes HIV negativo, provenientes da cidade de São Paulo - SP foi submetido à coleta endocervical para pesquisa de HPV pelos métodos complementares (citopatologia e biópsia cervical dirigida por colposcopia), métodos moleculares (Captura Híbrida - II e PCR) seguido de tipagem viral do HPV por RFLP ou sequenciamento e à contagem de células CD4+ e da carga viral do HIV no plasma. A DNA-HPV foi detectado em 53,2 por cento das gestantes HIV positivo e 19,2 por cento das gestantes HIV negativo (p < 0,001). A infecção persistente por HPV, definida como a detecção do mesmo tipo de HPV na gestação e no puerpério foi detectada em 65,6por cento das mulheres HIV positivo e 20 por cento nas mulheres HIV negativo (p < 0,001). 38,1 por cento por cento das mulheres HIV positivo tiveram infecção persistente com HPV 16 ou HPV 18, que são os tipos mais fortemente associados com câncer cervical. Nível de células CD4+ £ 200 células/mm3 foi associado com alto risco para infecção pelo HPV na gestação. Altas taxas de infecção pelo HPV foram evidenciadas em mulheres grávidas infectadas pelo HIV. Estes resultados demonstram a necessidade de avaliação ginecológicas periódicas no pré-natal por métodos sensíveis, visando o diagnóstico precoce da infecção pelo HPV que está associada a lesões malignas da região cervical