Contribui para o conhecimento da prevalência viral em casos de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças em Salvador, assim como realizar a caracterização antigênica e genômica dos adenovírus e vírus sincicial respiratório (RSR) isolados. Um total de 482 casos de infecção respiratória aguda do ano de 1998 foram investigados quanto a etiologia viral através de imunofluorescência indireta e isolamento em cultura celular. Trinta adenovírus isolados em 1998, 1997 e 1996 foram submetidos soroneutralização e análise de restrição enzimática. Imunofluorencência indireta e ELISA foram utilizados para caracterização antigênica de VSR detectados em 1998 e 1999, respectivamente. A caracterização genômica de VSR foi realizada através da amplificação do gene da proteína G e posterior seqüenciamento de nucleotídeos. Cento e cinquenta e quatro casos de infecção respiratória aguda tiveram sua etiologia viral diagnosticada. Os vírus mais prevalentes em ordem decrescente foram o VSR, influenza A, parainfluenza 3, adenovírus, influenza B e parainfluenza 1. As IRA virais acometeram principalmente crianças até um ano de idade, do sexo masculio, e foram diagnosticadas predominantemente como infecção de vias aéreas superiores. Dos 30 Adenovírus analisados, dezoito eram Ad2, seis Ad1, cinco Ad3 e um Ad5. A caracterização genômica dos Ad2 mostrou que circularam o genotipo D5 e uma nova variante genômica. Entre os Ad1, circularam o genotipo D1 e duas novas variantes genômicas. Representantes dos Ad3 e Ad5 foram os tipos genômicos 3f e 5#, respectivamente. Entre 84 VSR detectados em 1998, 64 pertenciam ao grupo A e 14 ao grupo B. A análise genômica de 6 cepas de VSR mostrou a existência de vários genótipos circulantes em 1999, O VSR foi o vírus mais prevalente entre sete vírus investigados. Durante o mesmo período epidêmico houve a circulação de ambos os grupos antigênicos e de vários genótipos de VSR. Genotipos de grupo B de Salvador não parecem estar relacionadas com as cepas B uruguaias. Houve um predomínio de Adenovírus do subgênero C, representados predominantemente pelos Ad2 e Ad1. Alguns genotipos de adenovírus até então não detectados no Brasil circularam em Salvador durante o período de estudo.