El Programa de Control de Calidad de Aguas esta concebido en función a la naturaleza de las aguas de origen meteórico emabalsadas en las represas distribuidas en el área geográfica a las que pertenecen a saber:

Tuni Condoriri, Milluni, Hampaturi, Incachaca, aguas subterráneas como los pozos de Tilata y agua superficial como el río Choqueyapu y al método convencional de potabilización que se aplica en las Plantas de Achachicala, Pampahasi, y El Alto.