As análises de DNA antigo (aDNA) recuperado de espécimes arqueológicos têm revolucionado áreas das Ciências especialmente na evolução humana e na origem das doenças humanas. Estudos paleoparasitológicos têm mostrado a presença do parasito Enterobius vermicularis em coprólitos de populações antigas das Américas. Até agora o diagnóstico de E. vermiculares em restos arqueológicos depende do exame microscópico. O propósito deste trabalho foi desenvolver uma abordagem metodológica para a recuperação de aDNA e o diagnóstico molecular de E. vermicularis a partir de coprólitos humanos. Propomos o diagnóstico molecular usando como alvo a região intergênica do gene ribossomal 5S RNA de E. vermicularis. Esta estratégia foi analisada quanto a sua especificidade e sensibilidade em parasitos recuperados de amostras fecais e em coprólitos experimentais...Cinqüenta e uma amostras fecais coletadas de pacientes de distintas regiões geográficas do Brasil, e positivas microscopicamente para diversos enteroparasitos incluindo 24 para E. vermicularis fizeram parte deste estudo. O diagnóstico molecular, considerando 420pb da região intergênica do gene 5S rRNA de E. vermicularis identificou 20 das 24 amostras positivas microscopicamente para o parasito, e quando a região de 198pb foi considerada, 100 por cento das amostras analisadas positivas pela análise microscópica, inclusive amostras co-infetadas, foram positivas. A PCR da de 198pb foi sensível para diagnosticar E. vermicularis em amostras fecais com apenas um único ovo do parasito. Os métodos de polimerização reconstrutora e de Nested PCR previamente aplicados em coprólitos experimentais mostraram se úteis na recuperação de aDNA de E. vermicularis em 9 amostras de coprólitos do total de 27 amos5S rRNA de 9 amostras fecais de distintas regiões do Brasil e 7 de coprólitos da América do Norte e da América do Sul, revelou um alto grau de conservação nesta região e a presença do gene SL1 RNA. Nós sugerimos a estrutura secundária do gene SL1 de E. vermicularis, a qual é similar à estrutura modelo de três hastes-alças, e com as mesmas peculiaridades que, em outros organismos são essenciais para a reação de trans-splincing. Pela primeira vez é demonstrada a recuperação de seqüências de aDNA de E. vermicularis provenientes de restos arqueológicos. O diagnóstico molecular específico e sensível para o parasito e a identificação da seqüência e estrutura secundária do gene SL1 RNA de E. vermicularis, também são resultados inéditos.