As dificuldades de um tratamento com HAART têm levado alguns pesquisadores considerar a necessidade de desenvolver novas estratégias terapêuticas. A interrupção estruturada de tratamento (STI) anti-retroviral poderia considerar-se como o método mais simples para re-população com cepas viras teoricamente sensíveis aos anti-retrovirais em pacientes com extensa resistência genotípica aos mesmos. Após a interrupção do tratamento anti-retroviral em 27 pacientes por 12 semanas, uma taxa mais elevada da replicação viral e um declínio rápido nas células T CD4 + foi observado neste estudo. O objetivo deste estudo foi analisar a evolução das quase-espécies de HIV-1 durante STI. Através da análise da região C2/V3/C3 da gp 120 inicialmente feito pelo HMA, sendo que cinco pacientes foram selecionadas para análise detalhada da diversidade genética pelo sequenciamento genômico desta região.

Os resultados do HMA mostraram todos os padrões possíveis:

8 pacientes apresentaram baixa diversidade genética na amostra pré e pós-STI, 5 apresentaram diversidade na amostra pré-STI mas não na amostra após a interrupção, em outros 5 encontramos o inverso e finalmente encontramos grande diversidade genética tanto na amostra pré quanto pós-STI em 9 pacientes. A diversidade genética analisada nos 5 pacientes selecionados para estudos evolucionários revelou-nos que o processo de evolução molecular é muito específico e ocorre de forma muito peculiar em cada paciente. Para três pacientes (03, 04 e 05) a dinâmica das quase-espécies mostrou-nos uma tendência clara para uma homogeneidade nas seqüências após STI. Nós encontramos forte pressão seleção positiva em alguns códons nas quase-espécies de três pacientes (03, 05 e 19), o que coincidia com a presença de cepas com perfil R5 (não indutor de sincício) e X4 (indutor de sincício), com prevalência de cepas R5 após STI. Em um destes pacientes (paciente 19), a coroa GWGR da alça V3 foi substituída por GGGR ( que é uma evolução de GWGR) após STI. Entretanto, os pacientes 0 1 e 04, que apresentaram a diversidade genética baixa antes e após STI, tiveram as cepas HIV-1 com um perfil genético compatível com R5 antes e após STI. Nós concluímos que o distúrbio causado por STI pode ter um impacto no perfil do gene env, com uma tendência para a re-emergência de vírus filogeneticamente mais antigos...