O ecossistema aquático é habitado por mexilhões, animais filtradores que refletem a qualidade ambiental através da sua análise microbiológica. Neste estudo pretendeu-se avaliar a presença de patógenos, clássicos (Salmonella sp.) e emergentes (Vibrio vulnificus, Aeromonas hydrophila e Plesiomonas shigelloides), a partir de mexilhões in natura e pré-cozidos isolados de uma Estação Experimental de Cultivo de Mexilhões situada em Jurujuba, Niterói, Rio de Janeiro. Embora, não tenha sido identificado o patógeno Salmonella sp., as análises laboratoriais realizadas permitiram o isolamento de diversas espécies de microrganismos pertencentes às famílias Vibrionaceae e Aeromonadaceae, algumas com relevante potencial patogênico (Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus e A. hydrophila). Diversos microrganismos isolados apresentaram perfil de resistência a antimicrobianos utilizados na clínica humana (ampicilina, tetraciclina, nitrofurantoína, sulfametoxazol-trimetoprim e pefloxacina). Considerando a relevância epidemiológica dos agentes patogênicos identificados e os resultados obtidos nesta investigação, faz-se urgente alertar as autoridades sanitárias quanto à presença desses patógenos na cadeia alimentar e no ambiente. Dada sua capacidade de causar enfermidades diversas nas populações humanas após consumo de mexilhões in natura ou pré-cozidos, torna-se premente e de extrema importância o desenvolvimento de estratégias de vigilância epidemiológica e sanitária, assegurando, entre outras medidas, o monitoramento constante dos mexilhões oriundos da Baía de Guanabara, no sentido de prevenir ou minimizar os riscos nas diferentes etapas da sua extração e comercialização.