Foi investigada a microbiota dos canais radiculares de dentes de cães com reação periapical induzida, antes e após o preparo biomecânico e após diferentes curativos. Foram utilizados 40 dentes pré-molares de 5 cães adultos. Quatro dentes do lado direito dos cães foram abertos e instrumentados com ampliação foraminal padronizada e mantidos abertos por 7 dias. Do lado esquerdo, quatro dentes foram abertos assepticamente sob isolamento absoluto e tiveram suas polpas removidas e os forames ampliados. Após isto, receberam endotoxina de Escherichia coli sorotipo 011-B4 (Sigma-Aldrich) na concentração de 50 g/mL. Todos os dentes foram vedados com resina composta e então feitos controles clínicos e radiográficos após 2, 3 e 4 meses, para verificação da presença de reação periapical. Quando esta foi radiograficamente evidente (3 meses em média) os dentes foram submetidos ao tratamento endodôntico. Coletas microbiológicas foram feitas antes (1a) e depois (2a) da instrumentação com soro fisiológico e precedidas de desinfecção do campo sob isolamento absoluto. Foram inseridos os curativos clorexidina gel a 2 por cento, hidróxido de cálcio a 10 por cento em água destilada e extrato etanólico de própolis a 10 por cento em propilenoglicol, além do grupo controle sem curativo, nos diferentes dentes e em sistema de rodízio. Após 15 dias do curativo, estes foram removidos assepticamente e feita nova coleta (3a). Os dentes foram selados com os canais vazios e dentro de uma semana foi feita a quarta e última coleta. As coletas foram processadas anaerobicamente para identificação dos microrganismos e feita a contagem das unidades formadoras de colônias (UFC). Foi observado que o preparo biomecânico proporcionou boa redução no número de UFCs e a redução significativa de anaeróbios. Os 3 curativos utilizados permitiram redução microbiana de forma semelhante, havendo a reincidência de microrganismos após 1 semana de canal vazio. Os dentes contaminados apenas com endotoxina bacteriana mostraram uma quantidade menor de UFCs e número de espécies nas diversas coletas. Foi concluido que a instrumentação promoveu uma redução significante de microrganismos, assim como o uso de medicamentos intracanais. Entretanto, a manutenção do canal vazio, após a medicação intracanal permite a recolonização do mesmo.