Este trabalho visa estabelecer um método de desenvolvimento de softwares instrucionais dedicados ao aprimoramento de habilidades cognitivas. Três dos softwares desenvolvidos são descritos, versando sobre três técnicas experimentais de Bioquímica: cromatografia de permeação em gel, cromatografia de afinidade e cromatografia de troca iônica. A organização do conteúdo e a interface dos softwares têm como objetivo favorecer a reflexão sobre os princípios físico-químicos das técnicas. Os softwares foram avaliados com estudantes de cursos de graduação das áreas de Biologia e Saúde, segundo método estabelecido neste trabalho. Os estudos de avaliação demonstram que o software pode ser usado com êxito para o aprendizado dos princípios físico-químicos das técnicas em nível de Compreensão e Aplicação