A metaciclogênese em T. cruzi (diferenciação das formas epimastigotas em tripomastigotas metacíclicas) ocorre naturalmente no intestino do inseto vetor provavelmente como uma resposta deste parasita às mudanças ambientais, tais como a redução de nutrientes disponíveis. Os mecanismos envolvidos no disparo deste processo, que é orientado por notáveis mudanças na expressão gênica, permanecem desconhecidos. A metaciclogênese em T. cruzi pode ser mimetizada in vitro, em condições químicas definidas, permitindo a seleção de parasitas em vários estágios de diferenciação. A fim de abordar os mecanismos envolvidos no disparo da metaciclogênese, differential display e análise em microarranjos de DNA foram utilizados na seleção de genes diferencialmente expressos durante o início do processo de metaciclogênese, que consiste em um estresse nutricional antes da incubação em meio de diferenciação(TAU3AAG).Os experimentos de differential display resultaram em 23 contigs e 46 singletons, enquanto os de hibridação revelaram pelo menos 100 genes mais expressos e 84 menos expressos, durante o estresse nutricional.Os resultados de diversas análises comparativas indicam que a associação das moléculas de RNA aos polissomos é um mecanismo importante na regulação diferencial dos genes em T. cruzi. As seqüências dos genes selecionados foram comparadas aos bancos de dados em busca de similaridades. Foi possível sugerir uma provável função para 43 por cento destas seqüências. Os padrões de expressão de alguns destes genes selecionados foram confirmados por northern-blot.