O presente estudo teve por objetivo detectar espécies de enterococos, leveduras e enterobactérias, em diferentes fases da terapia endodôntica, em pacientes soropositivos para o vírus da imunodeficiência humana e portadores de infecção endodôntica primária. Os valores de células T CD4+ e carga viral foram registrados. Quinze dentes humanos unirradiculares, com diagnóstico clínico correspondente à polpa mortificada em fase crônica, com câmara pulpar fechada e que apresentavam, radiograficamente, área de rarefação óssea periapical, foram microbiologicamente analisados. As amostras foram coletadas do interior dos canais radiculares com cones de papel absorventes esterilizados e imediatamente transferidos para o meio de transporte pré-reduzido (VMGA III). Cada amostra foi diluída em água peptonada e semeada em meios seletivos e não seletivos ao desenvolvimento dos microrganismos-alvo. Os diferentes tipos morfológicos, que expressaram crescimento nos meios seletivos aos oportunistas pesquisados, foram identificados baseados no perfil bioquímico apresentado pelas amostras após semeadura em testes específicos. Durante a 1ª coleta, microrganismos foram detectados em 86,7 por cento (13:15) dos canais radiculares. Em nenhum deles, leveduras, enterococos ou enterobactérias foram isoladas. Após o preparo químico-cirúrgico, a 2ª coleta detectou microrganismos em somente 1 canal radicular (1:15 - 6,7 por cento). Após 7 dias com medicação intracanal (PRP - 2,0 g paramonoclorofenol, Rinossoro© e polietilenoglicol 400 em partes iguais para 100 mL), a 3ª coleta foi realizada e 8 canais albergavam microrganismos (8:15 - 53,3 por cento). Dentre esses, em um canal foi isolado Enterococcus avium e em dois outros leveduras, sendo identificadas como Candida albicans e Candida famata