Os aeronautas, pelas características de seu processo de trabalho, estão submetidos a diversos riscos, presentes tanto no seu ambiente, quanto na sua organização de trabalho. A aeronave, para se adequar ao "ato de voar" , sofre modificações em seu ambiente, tais como ruídos, vibração, baixa umidade do ar e da pressão parcial de oxigênio e outros fatores que, a longo prazo, podem atuar no organismo dos seus ocupantes, causando alterações. Os aviões de alta tecnologia voam a altitudes cada vez mais elevadas, aumentando a intensidade das exposições às radiações cósmicas podendo aumentar a incidência de riscos entre a tripulação. Por prestarem serviços de forma ininterrupta, os transportes aéreos fazem parte de um sistema que impõe aos seus funcionários um esquema de jornadas irregulares de trabalho que, além disso, cruzam fusos horários ao realizar jornadas de longa duração, podendo imprimir modificações nos seus ciclos biológicos, como alterações nos hábitos de sono e de alimentação. Objetivamos neste estudo investigar esses riscos e relacioná-los a marcadores biológicos cujos resultados auxiliem a monitorar esses efeitos. Para tanto, apresentamos um protocolo utilizando indicadores bioquímicos e hematológicos que complementem os exames periódicos já existentes.