Quarenta e quatro pacientes infectados pelo vírus da imunodeficiência adquirida tipo 1 (HIV-1) e com a presença do anti-HBc,marcador de exposição ao vírus da hepatite B(HBV), foram investigados no Rio de Janeiro,RJ,Brasil. Amostras sorológicas, coletadas entre 2001 a 2004, foram analisadas para outros marcadores do HBV. Onze (25por cento) amostras eram HBsAg positivas; 22 (50por cento) apresentaram positividade para o anti-HBs, 10 (22,7por cento)possuiam o anti-HBc como único marcador sorológico e 1 amostra (2,3por cento) apresentou positividade simultâneamente para HBsAg e para o anti-HBs. O DNA do HBV foi detectado por 2 ensaios de PCR para amplificar as regiões pré-S/S e do core viral. O DNA do HBV foi detectado em 72,7por cento dos pacientes HBsAg positivos e em 25por cento dos pacientes HBsAg negativos, revelando uma alta proporção de infecção oculta pelo HBV. Houve uma associação entre positividade por PCR para as duas regiões testadas e carga viral elevada (testada por diluições seriadas dos produtos de PCR das regiões pré-S/S e core). As amostras positivas para o DNA do HBV foram genotipadas por um método de PCR-RFLP da região pré-S/S, revelando a presença dos genótipos A e D e em alguns casos mistura de A e D. A análise filogenética de clones derivados dos amplicons pré-S/S mostrou uma distribuição dos genótipos A (70por cento) e D (30por cento) semelhante ao encontrado nos pacientes HBsAg positivos da mesma cidade, com alta proporção do subgrupo A’ do genótipo A. A dedução dos sorotipos revelou a presença do sorotipo raro adw3 em um isolado do genótipo D. Não foi observada diferença estatisticamente significativa entre os grupos de pacientes positivos e negativos para o DNA do HBV quanto ao uso de lamivudina. Além disso, não foi observada correlação entre o uso da droga e a diminuição da carga viral. Em isolados de HBV originados de apenas um dos pacientes, foi detectada mutações de resistência a lamivudina. A tripla mutação V519L, L526M e M550V, que favorece a predominância de cepas de HBV com antigenicidade reduzida, foi encontrada neste paciente.