(...) O objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade do diagnóstico laboratorial da malária, comparando os resultados encontrados entre os laboratórios de base e de revisão, do Amapá e do Maranhão, no período de 2001 a 2003. Foram utilizados, o Epi Info e o Excel para análise dos dados. Os resultados por espécies foram obtidos no Amapá, onde a maior prevalência foi do P. vivax (53,3 por cento) e a de maior proporção de discordância foi o P. malariae (42,53 por cento). Nas infecções mistas, o P. falciparum deixou de ser identificado em 1,3 por cento. 90 por cento dos Municípios do Maranhão e 68,8 por cento, do Amapá apresentaram discordâncias inferiores a 2 por cento. O percentual de discordância no diagnóstico, por municípios do Amapá, variou de 0,54 por cento a 6,61 por cento e em 5 (31,3 por cento), o percentual ficou acima de 2 por cento. No Maranhão as proporções variaram entre 0,04 por cento a 17,39 por cento, e em 12 (9,2 por cento), os percentuais foram superiores a 2 por cento. A proporção de erros por microscopistas no Maranhão ficou entre 0,02 por cento a 100 por cento, com 37 (10,1 por cento), acima de 2 por cento. No Amapá houve variação de 0,15 a 100 por cento com 49 (27 por cento) com erro acima de 2 por cento. O índice de concordância (Kappa), verificado após as capacitações, manteve-se entre ótimo e perfeito (0,81 e 1) para os Municípios e microscopistas do Amapá e do Maranhão. Na análise univariada as variáveis, unidade federada, tempo de serviço e vínculo Empregatício, foram significativas associadas às discordâncias, no entanto após análise multivariada apenas as variáveis, unidade federada (OR=5,6; 95 por cento IC: 2,5 – 12,4 P=0,0000) e tempo de serviço (OR=4,4; 95 por cento IC: 1,4 – 13,2 P=0,008) apresentaram associadas as discordâncias encontradas no diagnóstico laboratorial da malária, no Amapá e Maranhão, durante o período de 2001 a 2003.