A complexa biologia e genética do vírus HIV tornam o desenvolvimento de uma vacina preventiva um enorme desafio. Entretanto, essa ainda é a melhor estratégia para o controle da epidemia pelo HIV. Assim, o objetivo deste trabalho era descrever a presença dos subtipos de HIV-1 em sítios brasileiros selecionados, assim como avaliar o polimorfismo de regiões genômicas relevantes para o desenvolvimento de vacinas em subtipos prevalentes de HIV-1 e vírus recombinantes no Brasil. Nossos resultados nos permitiram constatar a predominância do subtipo B, assim como a detecção de amostras dos subtipos F, C, D, A, além da variante B” do subtipo B, na região C2-V3 env HMA. Nenhuma associação estatisticamente significante, entretanto, pode ser detectada entre os subtipos de HIV-1 e modos de transmissão, as categorias de exposição e o gênero em amostras da cidade do Rio de Janeiro; embora um aumento do subtipo F pudesse ser detectado em usuários de drogas intravenosas (UDIs). As associação entre o subtipo C e UDIs foi detectada em amostras de Porto Alegre, RS. A introdução descontínua dos subtipos no Brasil foi sugerida pelas análises filogenética e distância. Baseados neste dado, nós inferimos que o subtipo B e a variante B” estão circulando desde o início da epidemia de Aids no Brasil e uma introdução mais recente dos subtipos F e C. A análise fiologenética das regiões env (C2-V3 e gp41), gag (p17) e nef confirmou a presença de 9 (26,5 por cento) de 34 amostras de HIV-1 potencialmente recombinantes envolvendo os subtipos B e C ou B e F, como a seguir: Bgag/Cenv/Bnef, Bgag/Cenv/Cnef, Cgag/Benv/Cnef, Bgag/Fenv/Bnef, Bgag/Fgp120/Bgp41/Bnef, Fgag/Fenv/Bnef, Bgag/Fgp120/Bgp41 e Bgag/Fgp120...