A análise da Avaliação Qualis mostrou que os critérios definidos favorecem principalmente a publicação em revistas internacionais e fazem uso do Fator de Impacto do ISI. O Impacto Pós-Portal, como foi denominado, indicou um efeito positivo, notado pelo aumento da média de citações recebidas na SciELO, por aproximadamente 70% das revistas da amostra (Ciências da Vida), após o ano de publicação no Portal. A comparação do impacto nacional versus internacional das revistas SciELO mostrou que revistas indexadas também no ISI são citadas com mais freqüência naquela base, além de receberem aproximadamente 72% das citações de revistas ISI de autores estrangeiros e terem os artigos em colaboração (nacional e internacional) mais citados que aqueles em autoria única. Em relação às revistas publicadas somente na SciELO, verificou-se que são citadas em quantidades similares naquela base e nas bases do ISI, recebem 68% das citações de revistas ISI de autores estrangeiros e têm seus artigos de autoria única mais citados, seguidos daqueles em colaboração nacional. A análise multivariada dos indicadores das revistas SciELO permitiu a identificação de diferentes grupos de revistas, discriminados de acordo com as diferentes práticas de comunicação científica. Conclusões. A adequação dos critérios utilizados na avaliação da produção científica nacional pode ser conseguida considerando-se indicadores de impacto mensurados a partir de citações provenientes das revistas nacionais, definindo critérios que valorizem a publicação em revistas nacionais de qualidade reconhecida, o que permitirá a publicação de trabalhos importantes na língua portuguesa, e estimulará o processo de melhoria de qualidade das revistas nacionais.