A diversidade genética do HIV-1 tem sido bem estudada tendo-se como alvo as proteínas estruturais. Porém, na região da integrase essa diversidade ainda não foi bem caracterizada. A integrase é uma enzima essencial para o ciclo de replicação do HIV-1 e é um alvo promissor para a terapia anti-retroviral. Atualmente, a terapia inclui inibidores de protease (PR), transcriptase reversa (TR) e de entrada viral. Entretanto, não está claro por quanto tempo os benefícios clínicos serão mantidos devido à emergência de variantes com resistência a múltiplas drogas. Neste contexto, o objetivo foi caracterizar a diversidade genética da integrase do HIV-1 em amostras dos subtipos B(B), C e F, obtidas de pacientes virgens de tratamento, e identificar a presença de mutações naturais relacionadas aos inibidores de integrase em amostras de indivíduos apresentando falha terapêutica, a fim de verificar se esta região ainda permaneceria como um alvo íntegro para o tratamento. O DNA proviral foi extraído de 111 amostras de sangue de indivíduos virgens de tratamento, infectados com os subtipos prevalentes no Brasil, previamente determinados com base na região C2-V3 do envelope. O RNA viral foi extraído de amostras de plasma de 30 indivíduos apresentando falha terapêutica às drogas correntes, infectados pelo subtipo B do HIV-1, previamente determinado com base no gene pol (PR/RT). As amostras foram amplificadas pela metodologia de nested PCR e seqüenciadas por sequenciamento automatizado. O pacote de programas DNASTAR, ClustalX e MEGA foram usados para edição, alinhamento, tradução, análise filogenética (neighbor-joining) e definição das seqüências consenso. Não verificamos a ocorrência de recombinação inter-gênica entre a região da integrase e os genes env e pr/rt, tipados previamente. Entretanto, identificamos genomas apresentando recombinação intra-gênica na região da integrase (3B/F, 3B/C) em amostras de indivíduos virgens de tratamento. Todos os recombinantes B/C apresentaram um...