A epidemia da AIDS no Brasil vem apresentando importantes mudanças em seu perfil, caracterizando-se pela interiorização, feminilização e juvenilização. Com o crescimento dos casos de infecção pelo HIV em mulheres, principalmente em idade reprodutiva, tem-se como consequência, na ausência de terapia antiretroviral, um aumento no número de casos de crianças infectadas pelo HIV-1 através da transmissão vertical, sendo esta, a responsável pela quase totalidade dos casos de infecção de HIV em crianças menores de 13 anos de idade. A axa de transmissão vertical do HIV, sem qualquer intervenção, situa-se em torno de 20por cento. Porém, o uso de anti-retrovirais combinados, com a realização de cesariana eletiva, reduzem a transmissão vertical do HIV para valores entre zero e 2por cento. No presente estudo, avaliamos a transmissão de resistência primária, através da análise de vírus com mutações que conferem resistência às drogas, bem como o subtipo viral em uma população de crianças diagnosticadas como HIV-1 positivas, infectadas por transmissão vertical, de até dois anos de idade, virgens de tratamento. O estudo envolveu a análise de 38 crianças HIV-1 positivas, provenientes do Instituto Fernandes Figueira, Hospital Geral de Nova Iguaçu e Hospital Universitário Pedro Ernesto entre 2000 a 2007. Todas as crianças foram analisadas para mutações de resistência (região da polimerase) através do sistema Viroseq e subtipo viral (região da polimerase e envelope viral) utilizando nested PCR. Mutações principais de resistência na região da transcriptase reversa foram detectadas em 5/38 crianças (13,2por cento), conferindo resistência primária aos INTR. Para a região da protease, foi possível identificar apenas a presença de mutações acessórias, que juntas foram responsáveis por conferir resistência aos PI em apenas uma das crianças. Pudemos identificar a ocorrência de mutações secundárias ou acessórias, e a presença de polimorfismos naturais em 86,8por cento...anti-retrovirais.