O grupo M do HIV-1 envolve a maioria das infecções mundiais e é composto por nove subtipos, denominados de A-K. Esta intensa variabilidade genética reflete-se no surgimento de partículas virais com diferentes comportamentos biológicos. Estes representam os principais obstáculos para a eficiência da resposta imune humana e para o desenvolvimento de vacinas e terapias universais. O estudo molecular e biológico do HIV pode contribuir para o melhor entendimento de suas propriedades, para a escolha adequada de estratégias terapêuticas e para a vigilância da epidemia de HIV / AIDS. O objetivo deste trabalho foi investigar o perfil epidemiológico e molecular do HIV-l no estado da Bahia. Para tanto, foram estudadas amostras de DNA provenientes de 261 indivíduos infectados pelo HIV, acompanhados em um hospital de Salvador, a capital do estado. Destas, 228 e 208 amostras foram analisadas através de HMA nos genes gag e env, respectivamente, e 175 foram caracterizadas em ambos os genes. Adicionalmente, 32 amostras de subtipos F e recombinantes BF foram seqüenciadas e analisadas através de métodos filogenéticos. Uma proporção significativa de resultados divergentes entre o HMA e as análises filogenéticas foi observada (84.4 por cento). Os resultados combinados mostraram sete diferentes genótipos de HIV-1 147 (84 por cento) B/B, 4 (2.3 por cento) F/F, 3 (1.7 por cento) B/F, 1 (0.6 por cento) F/B, 1 (0.6 por cento) F/D, 1 (0.6 por cento) BF/F e 18 (10.3 por cento) BF/B. As seqüências recombinantes BF não foram relacionadas à Forma Recombinante Circulante (CRF) CRF12, enquanto apenas duas foram relacionadas à CRF28 e à CRF29. Dezenove variantes BF compartilharam o mesmo ponto de recombinação em gago Em adição, 7 recombinantes BF circulantes na região de Feira de Santana apresentando padrão similar de recombinação, mostraram-se filogeneticamente relacionados aos recombinantes encontrados em Salvador. Em conclusão, o subtipo B é o genótipo predominante, entretanto, a prevalência (13.1 por cento) de variantes BF divergentes entre si e uma possível nova CRF sugerem que recombinação genética está ocorrendo freqüentemente nesta região do país. O uso da técnica de HMA não é apropriado em regiões onde diferentes subtipos estão co-circulando e onde a presença de vírus recombinantes é esperada. A epidemia de HIV / AIDS local caracteriza-se por um crescente número de casos entre mulheres e associada a transmissão por via heterossexual. Em particular, a epidemia de subtipo F na Bahia está relacionada aos indivíduos do sexo feminino e à via de transmissão heterossexual. A presença de um vírus recombinante F/D foi reportado pela primeira vez no Brasil.