O Torque teno vírus (TTV) possui um genoma de DNA circular fita simples medindo aproximadamente 3900 nucleotídeos. Sua variabilidade genética é muito elevada, resultando na divisão dos isolados virais em cinco grupos filogenéticos (1 a 5) separados por mais de 50 por cento de divergência na seqüência nucleotídica. Provisoriamente, o TTV se encontra classificado no gênero flutuante Anellovirus, conservando algumas características comuns com os Circovirus. O TTV é distribuído mundialmente e infecta cronicamente, inclusive por mais de um isolado, mais de 80 por cento dos indivíduos aparentemente saudáveis. Contudo, o acúmulo de conhecimento sobre o vírus e seu potencial patogênico tem avançado lentamente pela ausência de sistema de cultura celular capaz de sustentar a replicação do TTV, pela falta de modelo animal, assim como pela carência de metodologias de amplificação que permitam o estudo das características de cada grupo filogenético separadamente. Os mecanismos de interação com o sistema imune que possibilitam a manutenção do equilíbrio vírus-hospedeiro constituem uma das questões mais intrigantes e menos bem estudadas sobre o TTV. Neste contexto técnicas de amplificação de parte ou da totalidade do genoma do TTV foram padronizadas neste estudo. Primeiramente, um ensaio de PCR multiplex, capaz de gerar, de maneira rápida, informações sobre o grau de co-infecção de uma população por diferentes genogrupos de TTV foi padronizado com sucesso. A seguir, a técnica de amplificação por rolling circle, previamente, empregada para isolamento de genomas completos de Begomovirus e Papillomavirus, foi adaptada com sucesso. Pela primeira vez no mundo, um genoma viral (TTV) completo foi amplificado a partir de soro, clonado e seqüenciado. Isto foi feito com dois isolados de TTV humano e dois isolados de TTV suíno. Um dos isolados de TTV suíno de revelou altamente divergente, representando o protótipo de um novo genogrupo. A análise de 15 amostras de soro de pacientes co-infectados pelo HIV-1 antes e em dois momentos após a introdução da terapia antiretroviral de alto impacto (HAART), assim como de 23 soros de doadores de sangue foi conduzida na tentativa de acumular conhecimento sobre as interações entre os diferentes grupos de TTV e o sistema imunológico. A introdução da terapia tem efeito inibitório na carga de TTV e na quantidade de genogrupos presentes na maioria dos indivíduos, provavelmente de maneira indireta, indicando que a imunidade celular participa ativamente do controle da carga de TTV e da quantidade de genogrupos infectantes. Em seguida, 343, clones pertencentes a quatro grupos filogenéticos distintos de TTV, foram isolados de dois pacientes co-infectados pelo HIV-1 antes e após a introdução da HAART e seqüenciados. Concomitantemente à introdução da terapia, foi possível observar uma mudança no equilíbrio das diferentes populações virais em um mesmo individuo. Tanto populações majoritárias quanto minoritárias quanto minoritárias de TTV foram afetadas. Da mesma forma, tanto superinfecções como o desaparecimento de certas populações foram observados.