Este trabalho foi conduzido com o objetivo de investigar as características moleculares e biológicas dos subtipos de HIV-1 circulantes em Porto Alegre e Salvador, para avaliar se essas características estão relacionadas com o perfil da epidemia de HIV/AIDS no Brasil. Vinte e oito isolados foram estudados a partir da análise molecular dos genes gag, pol e env, além da região LTR-5, avaliando-se as relações filogenéticas além da identificação e caracterização dos potenciais sítios de ligação aos fatores transcricionais, presença de sítios ligantes de fatores de transcrição, assinaturas específicas e o comportamento biológico dos isolados de subtipo C. Os resultados confirmam a prevalência dos subtipos B, C e F dentre as amostras originárias de Porto Alegre e B e F entre as originárias de Salvador. Dentre as amostras de Porto Alegre foi possível a genotipagem de 22 isolados para o gene gag, sendo 41% (09/22) de subtipo B, 55% (12/22) de subtipo C e 4% (01/22) de subtipo F; 14 para o gene pol, sendo 43% (06/14) de subtipo B, 50% (07/14) de subtipo C e 7% (01/14) recombinante CB; 20 para o gene env, 60% (12/20) de subtipo B, 30% (06/20) de subtipo C e 10% (02/20) de subtipo F; 13 para a região LTR-5 69% (09/13) de subtipo B e 31% (04/13) de subtipo C. Em relação às 06 amostras originárias da cidade de Salvador, foram investigados os genes gag com 01 isolado de subtipo F e 05 recombinantes BF, env com 01 isolado de subtipo F e 05 de subtipo B, além da região LTR-5 com todos os isolados classificados como de subtipo B. Adicionalmente, foram identificados também diversos fenômenos de recombinação intergênica, envolvendo os diversos fragmentos gênicos avaliados. Considerando-se os genes amplificados de todas amostras estudadas, 50% (14/28) apresentaram algum tipo de evento recombinante, envolvendo diferentes genes ou dentro de um mesmo gene. A variabilidade genotípica foi bastante expressiva também ao longo da região LTR-5, o que conota o caráter plástico do promotor de ativação gênica do HIV-1, inclusive com a identificação do sítio adicional para NF-kappaB nos 04 isolados de subtipo C brasileiros. Uma outra contribuição importante deste trabalho foi a identificação de uma maior frequência dos potenciais sítios de ligação aos fatores transcricionais para os isolados de subtipo C, em comparação com os isolados de subtipo B. Esta tendência foi identificada inclusive para potenciais sítios de ligação funcionais em células neurogliais, apontando para um possível tropismo preferencial para o sistema nervoso central dos isolados de subtipo C em comparação com os isolados de subtipo B. Em relação ao comportamento biológico pôde-se confirmar também o predominante caráter não indutor de sincícios para os isolados de subtipo C, mesmo para vírus isolados de pacientes em fase de AIDS. Os resultados aqui descritos ampliam o conhecimento sobre as características moleculares e biológicas do HIV-1 circulante no país. Além disso, algumas evidências aqui levantadas lançam novas perguntas acerca da biologia viral e sua relação com a história natural da infecção pelo HIV-1, contudo algumas dessas questões necessitam da condução de experimentos funcionais para serem esclarecidas.