A grande variabilidade genética do HIV é um importante obstáculo para a manutenção de terapêuticas de longa eficácia. Assim, o conhecimento sistemático das mutações que conferem resistência aos anti-retrovirais é de grande importância clínica e terapêutica. A partir de uma coleção de plasma de pacientes do Estado da Bahia, realizamos um estudo com o intuito de investigar a freqüência de mutações que conferem resistência aos anti-retrovirais, empregando o ensaio LIPA HIV-1 RT para analisar as mutações no gene da transcriptase reversa e a técnica de RFLP, utilizando a enzima de restrição Hinc lI, para identificar as mutações nas posições 82 e 90 no gene da protease. As amostras selecionadas foram provenientes de pacientes virgens de tratamento (VT; n=22) e de pacientes que estavam sob terapia antiretroviral, na forma de terapia dupla com INTR (TD; n=48) e terapia tripla com INTR e inibidores da protease (TT; n=41). Neste último grupo, realizamos também o teste fenotípico HIV-1 PR/RT Antivirogram TM VIRCO em 17 pacientes. No grupo de pacientes VT, apenas 1/20 (5%) apresentou a mutação M184V no gene da TR, enquanto que 3/22 (13,6%) apresentaram a mutação L90M no gene da protease. Já no grupo TD, encontramos mutações que conferem resistência ao AZT como T215Y/F, K70R e L41M em, respectivamente, 60%, 48% e 48% das amostras analisadas. Mutações que conferem resistência ao 3TC (M184V-44%) e ao ddI (L746%). Nos indivíduos sob TT, as freqüências de mutações no gene da protease foram de 34%-V82A, 15%-L90M e 39%- V82AJL90M. A análise fenotípica mostrou que as drogas menos ativas dos INTR foram AZT e 3TC e dos IP foram saquinavir, ritonavir, indinavir e nelfinavir. Estes resultados estão de acordo com a elevada freqüência de mutações encontradas no gene da protease V82A-60%, L90M-24% e V82AJL90M-65%. Nossos resultados mostram que as mutações genotípicas encontradas têm uma forte correlação com o tipo de drogas anti-retrovirais em uso pelos pacientes incluídos no estudo.