Sequências virais centrais, incluindo consenso, ancestral e centro-da-árvore, vêm sendo propostas para o desenho de potenciais imunógenos para o desenho de uma vacina anti-HIV/Aids, por minimizarem a distância genética em relação aos vírus circulantes. No Brasil a epidemia de Aids é causada primariamente pelo subtipo B, seguido dos subtipos F1 e C, em adição a recombinantes B/F1 e B/C. Este estudo teve como objetivo avaliar o uso potencial de sequências consenso comparadas a sequências de isolados virais mais próximos, na definição de antígenos vacinais. Bem como determinar o impacto do polimorfismo viral na resposta imune de indivíduos infectados pelo HIV-1. Esta avaliação da resposta imune foi realizada com células mononucleares do sangue periférico (CMSP) de indivíduos infectados pelo subtipo B e F1, incluindo um grupo de controladores da carga viral e indivíduos não progressores de longo termo, usando o ensaio de ELISpot IFN-gama. Duas regiões em Nef (R1 e R3) apresentaram alta frequência de resposta, 84por cento e 73por cento para o pool de peptídeos referente ao consenso B e 65por cento e 69por cento para o consenso F1, respectivamente. Em indivíduos infectados pelo subtipo B a frequência de resposta tanto para o pool de peptídeos baseados na sequência do isolado quanto na sequência consenso foi igual na R1 (93por cento) e muito próxima na região 2, 28por cento para o consenso contra 21por cento do isolado. Na R3, as sequências do consenso e do isolado no subtipo B são idênticas, e 71por cento dos indivíduos responderam ao pool dessa região. Nos indivíduos infectados pelo subtipo F1 foram encontrados valores similares na frequência de resposta para a R1, 44por cento e 55por cento, e idênticos na R3, 66por cento, para o consenso e o isolado, respectivamente. A magnitude de resposta não foi significativamente diferente entre o consenso e isolado (P maior que 0,05) para ambas as regiões tanto para os indivíduos infectados pelo subtipo B quanto pelo F1. Foi demonstrada uma forte reatividade cruzada frente aos peptídeos derivados dos consensos dos subtipos B e F1 e do grupo M. Nos indivíduos infectados pelo subtipo B, 79por cento das respostas foram detectadas tanto com peptídeos do consenso B, como F1 e M, nos indivíduos infectados pelo subtipo F1 essas respostas representaram 68por cento. Juntos esses dados indicam que tanto a estratégia do consenso, quanto a do isolado mais próximo é capaz de estimular uma resposta HIV específica. Além disso, nosso estudo aponta que sequências referentes tanto ao subtipo B quanto ao F1 poderiam servir como base para o desenho de imunógenos pautados na proteína Nef.