A elevada variabilidade genética do HIV tipo 1 e a seleção de mutações de resistência às drogas antirretrovirais tem representado um enorme desafio para o sucesso dos esquemas terapêuticos. Muitos estudos têm demonstrado que há padrões específicos de mutações para cada um dos subtipos de HIV-1. Os padrões do subtipo B são os mais bem definidos em função de sua presença majoritária nas epidemias da Europa e Estados Unidos. Contudo, a prevalência dos subtipos não-B, assim como a das formas recombinantes, tem aumentado significativamente em várias regiões. No Brasil, onde os subtipos B e F, e em alguns estados, também o C, coexistem, a presença de recombinantes BF vem ganhando destaque. Os objetivos deste trabalho foram comparar a região da protease do recombinante BF e do subtipo F puro quanto à possível presença de substituições diferentes, analisar o perfil mutacional e a covariação de mutações associadas ao tratamento e ao uso de inibidores específicos na protease do HIV-1 subtipo F e avaliar a reversão de mutações que já haviam sido selecionadas e a seleção de novas mutações após a troca do esquema terapêutico.