As cepas e clones do Trypanosoma cruzi apresentam diferentes aspectos de resistência e susceptibilidade aos quimioterápicos. Vários estudos vem sendo desenvolvidos para avaliar a resposta de diversas drogas em diferentes cepas protótipos dos Biodemas tipos I, II e III, de acordo com a caracterização biológica. Resultados vêm demonstrando que cepas protótipos do Biodema Tipo I (cepas Y e Perunana) apresentam uma alta susceptibilidade ao tratamento com Benzonidazol e Nifurtimox; cepas do Biodema Tipo II (protótipo: cepa 21SF) demonstram média susceptibilidade; as cepas do Biodema Tipo III (cepa Colombiana) são altamente resistentes. Considerando que as cepas do T.cruzi são populações multiclonais complexas, que diferem nas suas características genéticas e biológicas, clones de duas cepas do T.cruzi foram avaliadas com o objetivo de investigar se o uso da quimioterapia anti–T.cruzi poderia estar levando à seleção de clones resistentes que poderão ou não diferir nos seus caracteres biológicos e moleculares. No presente trabalho investigamos os caracteres biológicas e moleculares de clones da cepa Colombiana (Biodema Tipo III) e 21SF (Biodema Tipo II) do T. cruzi, isolados de animais tratados e não curados em comparação com clones isolados de animais não tratados, com o intuito de investigar se estes clones resistentes à quimioterapia apresentavam diferenças em suas características que pudessem estar justificando tal resistência. Para isto, 18 clones foram isolados de camundongos infectados da cepa Colombiana e 8 clones foram isolados de camundongos infectados com a cepa 21SF. Os resultados mostraram que as características biológicas dos clones isolados da cepa Colombiana foram mantidas; clones da cepa 21SF mostraram diferentes níveis de parasitemia quando comparados com a cepa parental. As características moleculares foram avaliadas a partir dos fragmentos do k-DNA de cada clone isolado, que foram submetidos à técnica de RFLP, utilizando as enzimas de restrição RSA I, HINF I e ECO RI. A análise dos fragmentos de restrição das cepas parentais e dos respectivos clones demonstrou grande similaridade entres os mesmos. A possibilidade de investigar a estrutura molecular utilizando outras técnicas moleculares, poderá contribuir para demonstrar diferenças na resistência dos clones isolados de animais tratados e não não curados, como visto na discussão