Epidemiologia molecular, evolução viral e perfil de resistência aos antirretrovirais em uma população de pacientes infectados por HIV-1 e/ou HIV-2 residentes em diferentes ilhas do arquipélago de Cabo Verde

Araújo, Isabel Inês Monteiro de Pina

O diagnóstico sorológico da infecção pelo HIV-1 e HIV-2 teve início em Cabo Verde em 1987, mas pouco se sabe a respeito da diversidade genética desses vírus nessas ilhas, localizadas na costa Ocidental Africana. Neste estudo, caracterizamos a epidemiologia molecular do HIV-1 e HIV-2 em Cabo Verde, analisamos a origem dos principais clados de HIV introduzidos no país e descrevemos a ocorrência de mutações de resistência aos antirretrovirais (DRM) em indivíduos virgens de tratamento (ARTn) e pacientes em tratamento (ARTexp) oriundos das diferentes ilhas. Amostras de sangue, dados sociodemográfico e clínico-laboratoriais foram obtidos de 221 indivíduos HIV positivos entre 2010-2011. As amostras foram sequenciadas na região da polimerase (1300 pares de bases) e análises filogenéticas e de bootscan foram realizadas para a subtipagem viral. Os algoritmos disponibilizados nos sites Stanford HIV Database e HIV-GRADE e.V. Algorithm Homepage foram utilizados para avaliar a existência de DRM em pacientes positivos para HIV-1 e HIV-2, respectivamente. Os estudos evolutivos e filogeográficos foram realizados através do programa BEASTEntre os 221 pacientes analisados, sendo 169 (76,5 porcento) HIV-1, 43 (19,5 porcento) HIV-2 e 9 de (4,1 porcento) co-infectados pelo HIV-1 e pelo HIV-2, 67 porcento eram do sexo feminino. As medianas de idade foram de 34 (IQR = 1-75) e 47 (IQR = 12-84) para o HIV-1 e HIV-2, respectivamente. A infecção pelo HIV-1 é causada pelo subtipo G (36,6 porcento), CRF02_AG (30,6 porcento), subtipo F1, (9,7 porcento), URFs (10,4 porcento), subtipo B (5,2porcento), CRF05_DF (3,0 porcento), subtipo C (2,2 porcento), CRF06_cpx (0,7 porcento), CRF25_cpx (0,7 porcento) e CRF49_cpx (0,7 porcento), e todas as infecções por HIV-2 pertencem ao grupo A. De acordo com as análises filogeográficas e de origem do HIV, estimase que o HIV-2 foi o primeiro tipo viral introduzido em Cabo Verde e possui relações filogenéticas com sequências referências de Portugal...

HIV-1 and HIV-2 have been detected in Cape Verde since 1987, but little is known regarding the genetic diversity of these viruses in this archipelago, located near the West African coast. In this study, we characterized the molecular epidemiology of HIV-1 and HIV-2, analyzed the origin of the major clades of HIV introduced in CapeVerde and described the occurrence of drug resistance mutations (DRM) among antiretroviral therapy naïve (ARTn) patients and patients under treatment (ARTexp) from different Cape Verde islands. Blood samples, socio-demographic and clinicallaboratorydata were obtained from 221 HIV-positive individuals during 2010-2011.Genetic sequencing of the pol region (1300bp) was obtained and phylogenetic and bootscan analyses were performed for viral subtyping. The evolutionary and phylogeographic studies were performed using the program BEAST. HIV-1 and HIV-2 DRM were evaluated for ARTn and ARTexp patients using the Stanford HIVDatabase and HIV-GRADE e.V. Algorithm Homepage, respectively. Among the 221patients (169 [76.5 percent] HIV-1, 43 [19.5 percent] HIV-2 and 9 [4.1 percent] HIV-1/HIV-2 coinfections), 67 percent were female. The median ages were 34 (IQR=1-75) and 47(IQR=12-84) for HIV-1 and HIV-2, respectively. HIV-1 infections were due to subtypes G (36.6 percent), CRF02_AG (30.6 percent), F1 (9.7 percent), URFs (10.4 percent), B (5.2 percent), CRF05_DF (3.0 percent), C (2.2percent), CRF06_cpx (0.7 percent), CRF25_cpx (0.7 percent) and CRF49_cpx (0.7 percent), whereas all HIV-2 infections belonged to group A. According the HIV phylogeographic analyses, it is estimated that HIV-2 was the first viral type introduced in Cape Verde and has phylogenetic relationships with referral sequencesof Portugal...