O Brasil é considerado o país com o maior número absoluto de indivíduos infectados pelos vírus linfotrópicos de células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV2), perto de 2,5 milhões; além disso, é também considerado epidêmico para o HIV e, portanto, casos de coinfecção HIV/HTLV são frequentes no país. O presente trabalho efetuou o seqüenciamento das regiões LTR, env e tax do genoma proviral do HTLV-1 e do HTLV-2 isolados das amostras de sangue de pacientes coinfectados pelo HIV-1 de Londrina e região (n=34) e de São Paulo (n=20), para realizar a caracterização molecular e determinar subtipos virais. Foram utilizadas na análise das sequências as ferramentas Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 e MEGA4. As diversas análises confirmaram como subtipos prevalentes o HTLV-1a, subgrupo Transcontinental A, e o HTLV-2a (variante -2c). Foram detectadas assinaturas moleculares nos isolados do Brasil. Detectou-se o genótipo brasileiro taxA para o HTLV-1 e para o HTLV-2 a Tax longa, a qual é característica da variante HTLV-2c. Houve também a confirmação da troca de aminoácido S1909P no env dos HTLV-2. Especulou-se sobre duas entradas do HTLV-1 no Brasil e sobre a disseminação do HTLV-2c em grupos distintos quanto ao comportamento de risco e região geográfica. O estabelecimento de métodos laboratoriais otimizados para isolados brasileiros de HTLV-1 e HTLV-2 possibilitou melhor compreensão da diversidade genômica e da origem e disseminação dos HTLVs em populações coinfectadas pelo HIV no Brasil