Pode-se afirmar que no século XX originou-se uma indústria farmacêutica multinacional com extraordinária capacidade de pesquisa e desenvolvimento para produzir novos fármacos. Porém, contradizendo este potencial inovador, o número de fármacos introduzidos no mercado vem declinando desde 1960 e as oportunidades abertas com os avanços da biologia molecular, da genômica, da bioinformática e da química ainda não trouxeram os resultados esperados. No Brasil, a pesquisa científica tem obtido resultados de grande relevância, mas encontra muitas dificuldades para levar novos produtos ao mercado. O objetivo principal deste trabalho é discutir estratégias de fomento para a pesquisa e desenvolvimento de fármacos no país, procurando conciliar os requisitos técnicos e econômicos deste processo com as competências preexistentes. O referencial metodológico adotado enfatiza o papel determinante das relações econômicas na pesquisa e desenvolvimento de fármacos e procura encontrar caminhos compatíveis com a realidade nacional. Para tanto, discute as características técnicas e econômicas desta atividade, bem como a estratégia das empresas inovadoras e algumas experiências brasileiras nesta área do conhecimento. Fundamentado na análise de 766 novos fármacos introduzidos no mercado mundial entre 1984-2003, nos pilares econômicos do processo de inovação e no contexto político-institucional da pesquisa e desenvolvimento de fármacos, propõe alternativas para aprimorar o desenvolvimento científico e tecnológico do setor farmacêutico brasileiro. Muitas atividades relacionadas com a pesquisa e desenvolvimento de fármacos são realizadas no país, mas encontram-se dispersas nas principais universidades, centros e institutos de pesquisa. O mapeamento destas competências representa o ponto de partida para a criação de uma rede de inovação no setor farmacêutico. Um dos gargalos identificados neste trabalho é a fragilidade do suporte institucional para negociações de alta tecnologia, do qual fazem parte as patentes, os acordos de cooperação e a transferência de tecnologia. Para viabilizar, no Brasil, a incorporação de ferramentas de alta tecnologia empregadas no desenvolvimento de fármacos foi proposta a criação do Laboratório Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento de Fármacos. Além de garantir sofisticação técnica, este Laboratório Nacional atuaria como instituição aberta, multidisciplinar, assumindo o papel de um centro de articulação das iniciativas voltadas para o desenvolvimento de fármacos, podendo gerar recursos para financiar a pesquisa e contribuir para o desenvolvimento científico e tecnológico. Acordos de cooperação com empresas inovadoras e organismos internacionais fazem parte das estratégias para captação de recursos. Linhas de pesquisa alinhadas com as necessidades do Sistema Único de Saúde e com outras políticas do setor público também devem nortear a pesquisa e desenvolvimento de fármacos no país. A exploração de novos alvos moleculares, articulada com projetos genômicos, inovações incrementais, doenças negligenciadas e produtos naturais são apontados como áreas estratégicas. A afirmação de que o Brasil reúne as condições necessárias para participar do processo de desenvolvimento de fármacos - hipótese primária deste trabalho - encontra sustentação nos argumentos apresentados e revela que as condições para a inovação tecnológica nunca foram tão favoráveis quanto agora. Estimular o debate acerca de estratégias que possam fomentar o desenvolvimento científico e tecnológico da pesquisa e desenvolvimento de fármacos no país representa a contribuição almejada por este trabalho