A estomatite protética é uma infecção fúngica que acomete entre 60% e 72% dos indivíduos portadores de próteses removíveis, sobretudo idosos do gênero feminino. Atualmente, a desinfecção de próteses totais por meio da irradiação por micro-ondas tem sido recomendada para tratamento e prevenção da estomatite protética. Considerando esses aspectos, esse estudo in vivo avaliou a efetividade da frequência da desinfecção de próteses totais por micro-ondas (3 min/650 W) em relação à terapia antifúngica tópica para o tratamento da estomatite protética, além de verificar a prevalência de Candida nos pacientes avaliados. Para isso, foram selecionados 60 indivíduos, portadores de próteses totais superiores e com diagnóstico clínico de estomatite protética. Esses pacientes foram aleatoriamente distribuídos em 3 grupos (n=20), de acordo com o tratamento instituído: Terapia Antifúngica Tópica (Grupo I) - utilização de nistatina (suspensão oral, 100.000 UI/mL), 4 vezes ao dia durante 15 dias; Irradiação por Micro-ondas – imersão das próteses totais em água e irradiação das próteses por micro-ondas durante 3 minutos a 650 W, 1 ou 3 vezes por semana (Grupos II e III, respectivamente) por um período de 15 dias. Para avaliação da efetividade dos tratamentos instituídos, foram realizadas culturas micológicas quantitativas e identificação das espécies de Candida, utilizando-se o meio CHROMagar Candida, análise de microcultivo, teste de triagem em caldo hipertônico e o sistema bioquímico de identificação ID 32C. Coletas de biofilme das superfícies internas das próteses totais superiores e das mucosas palatinas de todos os pacientes, foram realizadas previamente ao tratamento (dia 0) e após 15 dias do seu início. Com o objetivo de avaliar a efetividade dos tratamentos em longo prazo, a quantificação de colônias viáveis de Candiada spp. foram repetidas após 30, 60 e 90 dias do início do tratamento. Em cada consulta (dias 0, 15, 30, 60 e 90) foi realizada ainda, uma avaliação clínica por meio de fotografias intrabucais da mucosa palatina dos indivíduos. Os resultados obtidos por meio das culturas micológicas quantitativas foram analisados estatisticamente pelos testes de Wilcoxon e de Kruskal-Wallis (α=0,05). Os resultados das identificações bioquímicas das espécies de Candida foram interpretados por meio de uma análise qualitativa. Para as avaliações clínicas foi utilizado o índice Kappa de concordância e em seguida, a análise qualitativa duplo-cega das fotografias intrabucais. No décimo quinto dia de avaliação os tratamentos aplicados nos grupos Grupos I, II, III foram efetivos (p<0,05) para redução das células viáveis (valores de ufc/mL) de Candida spp. referentes à mucosa palatina e a superfície interna das próteses totais superiores. Enquanto, após 30, 60 e 90 dias do início dos tratamentos os resultados demonstraram em todos os grupos avaliados (Grupos I, II, III), um aumento gradativo nos valores de ufc/mL, porém sem diferenças estatisticamente significativa entre os períodos de avaliação. A comparação entre grupos de tratamento indicou aos 90 dias, uma diferença estatisticamente significativa (p<0,05) entre o Grupo III e os demais grupos (I e II). As identificações bioquímicas revelaram que as espécies predominantes em ambos os sítios de coleta foram a C. albicans, a C. tropicalis e a C. glabrata. No término do tratamento foi verificado um aumento na frequência de C. albicans no Grupo I. Enquanto, para os Grupos II e III a frequência de C. glabrata aumentou e a de C. tropicalis diminuiu. A avaliação das fotografias intrabucais indicou melhora nos sinais clínicos da estomatite protética no 15º dia em todos os Grupos do estudo, porém nos períodos subsequentes de avaliação áreas eritematosas tornaram-se visíveis na mucosa palatina de muitos indivíduos. A redução na frequência da desinfecção de próteses totais por micro-ondas (3 min/650 W) foi tão efetiva quanto à terapia antifúngica tópica (nistatina) para o tratamento da estomatite protética