Se investigaron dos plantas medicinales originarias de la Sierra ecuatoriana, estas plantas son congona Peperomia inaequalifolia (Ruíz y Pavón) Piperaceae y mashua Tropaeolum tuberosum. (Ruíz y Pavón) Tropaeolaceae. El aceite esencial obtenido por hidrodestilación de la especie Peperomia inaequalifolia (Congona) arrojó como resultado actividad antioxidante IC50 DPPH de 2.22 mg/mL e IC50 ABTS de 0.006mg/mL comparado con Thymus vulgaris (tomillo) como control positivo. Durante el estudio se investigaron las características taxonómicas y etnobotánicas y se obtuvieron muestras representativas de las dos plantas, con ellas se extrajo el aceite esencial de congona procedimiento que fue realizado en la fundación CHANKUAP en la ciudad de Macas, cuyo rendimiento con planta fresca fue del 0,1607%. De este aceite se caracterizó su composición química, por medio de cromatografía de gases acoplada a masa (CG-MS) la cual mostró que dicho aceite posee safrol, estearil palmitato y miristicina dentro de los compuestos más abundantes. Además se realizó cromatografía en capa fina (TLC) la cual confirmo la actividad antioxidante del aceite al existir una decoloración del reactivo DPPH de violeta a amarillo. En cuanto al extracto seco de Tropaeolum tuberosum (Mashua) obtenido por percolación arrojó como resultado actividad antioxidante IC50 DPPH de 0.788mg/mL e IC50 ABTS de 0.09mg/mL comparado con Camellia sinensis y ácido ascórbico como control positivo. Además se realizó la cuantificación de compuestos fenólicos por medio del método de Folin-Colicialteu y flavonoides totales por medio del método del reactivo de cloruro de aluminio en el que los resultados demostraron que el extracto seco de Tropaeolum tuberosum no presenta cantidades significativas de fenoles y flavonoides.