La maca (Lepidium meyenii) es una planta andina con diferentes propiedades terapéuticas que varían según su fenotipo. Hasta el momento no se conoce el principio activo responsable de su efecto terapéutico. Por ello, en base a los datos obtenidos del proyecto “Metabolómica, aceptabilidad y seguridad alimentaria al consumo de maca (Lepiidum Meyenii) en varones y mujeres adultas de Cerro de Pasco (4340 m) y de Lima (150m)” (SIDISI 61697) en el cual se realizó un estudio clínico, doble ciego, controlado por placebo donde se administró tres tratamientos (placebo, maca roja y maca negra) en treinta personas que vivían a nivel del mar durante tres meses; se realizó un análisis secundario de datos para evaluar si el consumo de maca aumenta o disminuye metabolitos de la ruta de los aminoácidos en seres humanos. El consumo de maca negra por tres meses disminuyó significativamente los niveles de aminoácidos esenciales (leucina e histidina); mientras que la maca roja disminuyó los niveles de aminoácidos esenciales (arginina, triptófano e isoleucina), no esenciales (glutamato y aspartato) e intermediarios (n-acetiltaurina) y aumentó aminoácidos no esenciales como cisteína y glutamina. Al comparar los deltas de cada grupo se observó que la maca negra aumentaba n-acetiltaurina y glutamato a diferencia del placebo, mientras que la maca roja aumentaba de β-hidroxiisovalerato a diferencia del placebo. También se evidenció el efecto del sexo en los distintos tratamientos, las mujeres presentaron cambios más significativos en aminoácidos esenciales (leucina, lisina, metionina), no esenciales (cisteína, alanina, glutamina, glutamato) e intermediarios (β-hidroxiisovalerato) en comparación con los hombres. Este estudio demuestra que el consumo por tres meses de maca de dos fenotipos distintos (roja y negra) altera los niveles de metabolitos de la ruta de los aminoácidos en personas que viven a nivel del mar y representa una novedosa forma de estudiar la medicina tradicional/complementaria mediante un enfoque (metabolómico) que permite integrar datos previos sobre sus propiedades.