Amostras de plasma e PBMC de 72 crianças e adolescentes infectadas pelo HIV-1, sob terapia anti-retroviral potente, foram analisadas quanto à presença de mutações de resistência aos anti-retrovirais, subtipo viral,tropismo viral e assinatura de aminoácidos presente na coroa da alça V3. Os dados moleculares obtidos a partir do sequenciamento genético das regiões gag, pol e env foram associados à supressão virológica e sucesso imunológico da terapia anti-retroviral. A freqüência de mutações de resistência aos anti-retrovirais encontrada foi alta, mas compatível com a exposição às diferentes classes de anti-retrovirais. Quatro variantes de HIV-1 foram identificados: subtipo B (62,0%), F (8,5%), C (1,4%) e mosaicos BF (28,2%). Dezoito diferentes padrões de recombinação foram encontrados, sendo que três amostras apresentaram o mesmo padrão, uma apresentou o mesmo padrão de recombinação do CRF12_BF e outra o mesmo padrão de recombinação do CRF28_BF nas regiões analisadas. Entre os HIV-1B 13,7% das amostras apresentavam na coroa da alça V3 a assinatura GWGRe 47,1% GPGR. As amostras classificadas como HIV-1 F apresentavam a assinatura GPGR em 60% dos isolados virais e em 20% GPGQ. A análise bioinformática da região env identificou 26,9% dos vírus isolados como X4. O tropismo viral e o subtipo viral não foram associados à supressão viral. No entanto, a presença da assinatura de aminoácidos GPGR na região da alça V3 se mostrou associada a alta viremia plasmática (p=0,03) em comparação com a assinatura GFGR. Nenhuma característica molecular foi associada ao sucesso imunológico da terapia anti-retroviral.