Determinação do  Antígeno leucocitário    Humano    (HLA) A,    B    e    C    por  Sequenciamento   de  nova   geração   em   indivíduos   infectados   pelo   HIV-1   dos subtipos B, C e recombinantes no sul do Brasil

Prellwitz, Isabel Maria

O sistema HLA (antígeno leucocitário humano) desempenha um importante papel regulador da resposta imune. Os genes dos HLA clássicos A, B e C estão envolvidos na imunidade mediada por células T citotóxicas controlando a viremia do HIV-1. Estudos demonstram que alelos como B*35 e B*53 levam a um rápido desenvolvimento para a aids, enquanto que alelos protetores do hospedeiro como o HLA-B*27 e B*57 estão associados com o controle imune da infecção e progressão mais lenta. O sequenciamento de nova geração (NGS) possibilita resolver a ambiguidade de genótipos, causada pelo enorme número de polimorfismos existente, e alcançar uma tipagem de alta resolução. Existem poucos trabalhos publicados que abordam essa metodologia para tipagem do HLA, sendo que a análise e manipulação dos dados gerados por NGS ainda é bastante difícil. Logo, estudar características genéticas tanto virais quanto do hospedeiro na epidemiologia de HIV/aids no sul do Brasil é importante por ela ser diferenciada do resto do Brasil, com predomínio do subtipo C. Nosso projeto pretende determinar os alelos do HLA classe I (A, B e C) por NGS, avaliando diferentes metodologias de montagem e reconstrução de alelos, bem como associar com parâmetros epidemiológicos, clínicos e laboratoriais de pacientes HIV+ no sul do Brasil.Os pacientes que participam do estudo são HIV+ acompanhados no ambulatório de HIV/Aids do Hospital das Clínicas de Porto Alegre...

The HLA (human leukocyte antigen) system plays an important regulatory role in the immune response. The classical HLA genes A, B and C, are involved in T cell mediated cytotoxic immunity controlling HIV-1 viremia. Studies show that alleles B*35 and B*53 lead to a rapid development to AIDS, whereas "protectors" alleles of the host as B*27 and B*57 are associated with immune control of infection and slower progression. The next-generation sequencing (NGS) enables resolve the ambiguity of genotypes caused by the large number of existing polymorphisms, and achieve a high-resolution typing. There are only few published studies addressing this methodology for HLA typing, and the analysis and manipulation of data generated by NGS is still quite difficult. Study genetic characteristics, both viral and the host, in the epidemiology of HIV/AIDS in southern Brazil is important for it to be differentiated from the rest of Brazil, with a predominance of subtype C. Our project aims to determine the alleles of HLA class I (A, B and C) by NGS, evaluating different methodologies for assembly and reconstruction of alleles, and associate with epidemiological, clinical and laboratory parameters of HIV+ patients in southern Brasil. The patients participating in the study are HIV+ followed in HIV/AIDS ambulatory at Hospital das Clínicas de Porto Alegre...