As hepatites virais B e C, nas últimas décadas, emergiram e se mantiveram em evidência como um grande problema de saúde pública. O desenvolvimento e a disseminação do uso de medicamentos antivirais vêm contribuindo para a diminuição da carga dessas infecções em nível individual e coletivo. Especialmente na última década, disponibilizaram-se tecnologias mais seguras e eficazes para o diagnóstico precoce e para o tratamento. No intuito de assegurar o uso racional desses insumos, muitos países elaboraram recomendações que incluem, os critérios de inclusão e exclusão para o tratamento e o estabelecimento do curso terapêutico. As recomendações nacionais e internacionais para o tratamento das hepatites B e C divergem em diversos aspectos, principalmente no que se refere aos fármacos eleitos como primeira linha de tratamento e ao público prioritário. No caso da hepatite C, o Ministério da Saúde brasileiro indica a terapia tripla somente para portadores de doença hepática avançada. O consenso internacional, representado pela OMS, pela AALSD e pelo NICE, assume direção oposta, ao propor como público prioritário, indivíduos com hepatite leve e moderada. As recomendações nacionais e internacionais para o tratamento da hepatite B se assemelham em grande medida, mas são conflitantes no que diz respeito aos medicamentos eleitos como primeira escolha. Com base nas divergências das diretrizes terapêuticas nacionais e internacionais, esse estudo objetivou confrontar as óticas nacionais e internacionais e avaliar as estratégias mais custo-efetivas para o tratamento contra o vírus da hepatite B (VHB) e o vírus da hepatite C (VHC) sob a perspectiva do SUS. Os resultados do modelo econômico construído indicam que o uso precoce e universal dos inibidores de protease (IPs) emerge como a conduta mais racional para o tratamento da hepatite C crônica na atualidade. Essa abordagem resulta em melhores desfechos clínicos e econômicos se comparada à terapia dual (peguinterferon + ribavirina) e ao uso de IPs no caso de refratariedade ao tratamento prévio e especialmente quando empregada restritamente aos casos de fibrose avançada, tal como recomendado pelas diretrizes nacionais. Na avaliação do custo-efetividade das recomendações terapêuticas para o tratamento contra o VHB em indivíduos HBeAg não reagentes, o uso do tenofovir se mostrou a estratégia mais eficiente. A terapia com tenofovir constitui a primeira linha de tratamento nas diretrizes nacionais atuais e foi a que apresentou maior efetividade associada ao menor custo global, contrariando as proposições de protocolos internacionais e de algumas publicações anteriores. Em síntese, a análise farmacoeconômica comparativa entre as diretrizes nacionais e internacionais para o tratamento das hepatites crônicas revela que a conduta de tratamento contra o VHB adotada no Brasil é adequada pelos pontos de vista clínico e econômico. Em contrapartida, as mesmas conclusões não se aplicam ao caso do tratamento da infecção do genótipo 1 da hepatite C, que, da forma como está sendo conduzido, penaliza uma parcela significativa dos indivíduos portadores, por oferecer o que há de mais avançado em tratamento antiviral exclusivamente aos pacientes com menores chances de resposta, maior risco de desenvolvimento de intolerância medicamentosa e já em estágio terminal da doença hepática